省水科院的前身是湖南省水利电力科学研究所，1960年1月经省编委同意成立湖南省水利电力科学研究所，同时建立党支部。该所受省科委、电力局双重领导。当年6月，又将省电力工业局所属的水文总站并入该所领导，所内设水利室、电力室和水文室。至1960年，全所有职工431人。该所于1961年9月撤销，大部分人员并入省水利电力设计院。1964年3月，省水利电力厅报经省编委同意恢复省水利电力科学研究所，同时建立党支部。定事业编制50人，当年恢复和兴建了6个灌溉试验站。1965年与省农业科学研究所配合，建立了长沙中心灌溉试验站，进行水稻所需水量、水温、晒田等项试验，还对地、县灌溉试验进行了指导。1966年“文化大革命”开始后，该所工作瘫痪，于1970年8月再次裁撤。1978年4月，中共湖南省委组织部发文批准设立省水利电力科学研究所，属省水利电力局领导，1981年5月恢复湖南省水利电力科学研究所党支部。1983年更名为省水利水电科学研究所，1994年4月成立湖南省水利水电科学研究所党总支。2017年1月更名湖南省水利水电科学研究院，2018年6月成立湖南省水利水电科学研究院党委。
党组织沿革及领导人名录
党支部
书记刘伯芳（1960.1～1961.9）
书记赵尚德（1964.3～1970.8）
书记黄天相（1981.1～1985.4）
副书记崔洁（1981.1～1983.12）
书记雷世达（1985.5～1991.9）
副书记高镜波（1986.2～1994.3）
书记罗光裕（1992.3～1994.2）
党总支
书记王积建（1994.4～1997.3）
书记刘庶华（1997.6～2000.10）
书记胡学良（2000.10～2003. 3）
书记朱幸平（2003.3～2006.7）
书记张 魁（2006.7～2008.2.）
书记刘思源（2008.2～2017.10）
党委
书记伍佑伦（2017.10 ～至今）
行政组织沿革及领导人名录
所长刘伯芳（1960.1～1961.9）
所长赵尚德（1964.3～1970.8）
所长（缺）
副所长黄天相(1980.9～1985.4)
崔洁（1981.1～1983.12）
陶景行（1983.12～1994.10）
所长雷世达（1985.5～1991.9）
副所长高镜波（1986.2～1991.9)
刘佩亚（1991.9～1994.2）
陶景行（1985.5～1991.9）
所长罗光裕(1992.3～1994.2)
副所长高镜波（1991.9～1994.2）
陶景行（1991.9～1994.10）
所长（缺）
副所长王积建（1994.2～1995.10）
刘思源（1994.9～1995.10）
刘佩亚（1994.2～1995.10）
所长刘佩亚（1995.10～1996.6）
副所长王积建（1995.10～1996.6）
刘思源（1995.10～1996.6）
所长（缺）
副所长王积建（1996.6～1997.3）
刘思源（1996.6～1997.3）
所长（缺）
所长刘庶华（1997.4～2000.10）
副所长刘思源（1997.3～2000.10）
所长胡学良（2000.10～2003. 3）
副所长刘思源（2000.10～2003.3）
所长朱幸平（2003.3～2006.7）
副所长刘思源（2003.3～2006.7）
罗继鸣（2004.1～2006.7）
所长张魁（2006.7～2008.2）
副所长刘思源（2006.7～2008.2）
罗继鸣（2006.7～2008.2）
所长刘思源（2008.2～2017.10）
副所长罗继鸣（2008.2～2010. 12）
蒋春艳（2010.4～2013.12）
仇学明（2011.5～2017. 10）
田大作（2011.5～2017. 10）
尹黎明（2013.12～2017. 12）
院长伍佑伦（2017.10～至今）
副院长田大作（2017.10～至今）
李浩文（2017.12～至今）
仇学明（2017.10～2018. 2）